抗战时期，战时经济更加艰难。战火波及安徽后，由于富县不断沦丧，皖省财政几近不支，至1938年2月份，公教、军人欠薪饷达两三个月。号称地方理财能手的省财政厅长杨绵仲回天乏术，第五战区司令长官李宗仁诚邀章乃器出任财政厅长。章乃器未正式上任前就摸清了皖省财政主要靠天赋和鸦片特税维持，另需国库补贴。针对当时发国难财成风的情况，他向李宗仁提出“铲除贪污，节约浪费”的主张，李宗仁坚决支持。
1938年3月章乃器走马上任，他严以律己，宣布“财政厅的经费也彻底公开，包括厅长的办公费，打破过去厅长包办经费的恶例”，接着请国民政府处决了贪污分子省教育厅长杨廉，吓跑了省建设厅长刘式庵以下区长、县长等贪污分子，同时严办了一批腐败分子，收缴了一批被截留的赋税、公款，财政压力得以缓解。他又节约浪费，严禁死魂灵吃活薪，对旧军队吃空额的顽疾下猛药，顶住了官场人情风。廖磊接任李宗仁后形势更加严峻，他下车伊始就拉着章乃器的手问“财政还能支持，是真的吗？”
章乃器果然有办法：首先把不肯配合的省银行总经理程振基免职，巧妙地避开省行无发钞权的问题，先由省府发行少量地方公债，再以公债作抵押，由省行印发小额本票约200万元作为货币以应急。其次，也是最主要的，是他设立货物检查处，征收货物检查税，其原则是“对敌占区与我区之间进出口物资分类进行查处。我区运往敌占区的第一类禁运物资为金、银、铜、铁、锡、肠衣、猪鬃等，查到后即予以没收；第二类禁运物资为大豆、烟叶、棉花等等，查到后可以发还，但只准在我区销售；对敌占区运入的物资，如果是鸦片和日货，如日伪厂生产的布匹、纸烟、纸张、文具等，查到后即予没收；敌占区华商生产的照章纳税后放行”。这是非常高明的，平战分明、敌我分明。他的货物检查税制度，得人得法，登时化腐朽为神奇，被国民政府推及全国。
另外，他还断然决定卖掉7万石食盐藏盐于民和根据市场原则收购粮食，都显示了他的过人才略。他说“这7万石食盐，只要真正到了老百姓手里，将来大别山再怎么样的紧张，敌人再怎么封锁，我们是可以支持一个时的。”
当时收粮价格为1.4元/斗，属于高价，国民党内就有人想强买，但章乃器始终坚持公平交易。他认为“即使粮价高了一些，这笔钞票落到老百姓手里，对我们稳定抗日根据地仍然有好处。从城镇的金融来看，不久就可以看到繁荣的局面，摧垮敌人的封锁。”
李宗仁称章乃器“整顿税收，颇见成效”，“最初在我们想象中，在敌后打游击是件极艰苦的事，孰知事实证明大谬不然。大别山根据地后来竟变成敌后的世外桃源，比大后方还要安定繁荣。”章乃器主持皖财，节约了中央财政400多万元，这在当时是很大一笔数字。他被排挤走后，皖省财政立即陷于困境，廖磊追悔莫及，忧愤以殁。
1940年6月章与上海银行的陈光甫合资创建了上川实业公司，设酒精厂、手摇发电机厂、机器厂、畜牧场等，章乃器为总经理。他判断准确，时战备物资极端匮乏，民间机动车几乎弄不到汽油，酒精厂生产的无水酒精正可替代汽油，因此获利甚巨。太平洋战争爆发后，进口通路不畅，原材料价格爆涨，公司的电机厂、机器厂所存的五金、电器材料随之自然升值，公司资产无形中增值。
后他与合资方因经营问题分家，他用分得的五万美金百万法币于1944年4月间另组上川实业公司，为大股东，任总经理。公司开始以投资为事，但由于通货膨胀，币值和物价波动不已，遂改以土产运销和进出口业务为主。战后公司总部迁上海，重庆、兰西安、香港、台湾、东北、汉口设办事处，从布局来看很见活力。至1947年六月，公司共有资本法币1亿元计10万股，他自拥27097股，加上他见接控制的股份，可占全股的2/3。 自己富了不算什么，他更关心战时整个民族工业的存亡发展。章乃器指出“民族工业现有基础必须保存，必须发展，否则战后欲重振旗鼓，更非易事。眼下危机，如果不谋挽救，则后方工业百分之九十要倒在地下。如果民族工业倒了，则代之而起的将是帝国主义侵略资本、利用政治权力与民争利的官僚资本，以及投机取巧的发国难财者。这三种势力，不仅破坏抗战，而且足以致战后经济于死地。为了挽救民族工业的危亡，工业界自己应该设立一个研究所，为民族工业从事调查研究，宣传呼吁，仗义执言，指出阻挠民族工业发展的反动势力和错误政策，减轻工业界所受到的压力。”
1943年9月1日中国工业研究所成立，章乃器为所长。该所系私立，人员精干，选题慎重，成果迭出，切合实用。这个所自然充当了民族工业的主要研究咨询机构和喉舌，经常就热点难点问题座谈，并出版工业问题丛刊、参考资料、专题报告、会议纪要等，1943年11月起发行物价旬报，将物价指数、外汇行市、各大城市利息、国家岁收岁支预决算、外国在华投资情况等信息资料汇集成刊，发送业内人士参考。他还主编了《工商手册》，全书40章60万言，包括工商业组织、管理、会计、法令、税收等，请专家和政府职能部门主管分撰，并附详尽的数据、公式、文簿程式，受到工商界人士的赞誉。1944年底该所又拿出了《工业界当前之困难》、《工业界当前困难解决办法》两个成果，解决实际问题。 四十年代初是章乃器的又一次理论高峰，此时他的主要经济思想是：1、对恶性膨胀的分析，并找出解决的根本办法。他巧妙地比喻说“通货、物价和军事支付三者，好象是三匹脱羁的马，兜着圈子疯狂的前后追逐，但又好似被鬼捉弄的，永远的谁也追不上谁。最后他们是同时声嘶力竭的倒毙下去了。”他认为“增加生产是平抑物价的最基本的手段”。2、利用节制游资，实行国民财产登记制度。他认为大后方物价腾飞的原因是“少数发国难财的奸商和贪官污吏”利用手中游资投机居奇、哄抬物价造成的。“过去的通货膨胀虽然已经造成偌大的游资，然而当前的严重问题却是游资的力量已经超过全部法币的数量，已经能够左右整个的商品市场，而且足以逼迫通货的膨胀了。”他主张建设股票市场并劝募公债、鼓励储蓄，使消费与积累良性互动，同时要求政府以行政手规范商品的储藏运输行销，平抑物价。当时马寅初大骂官僚资本，孔祥熙非常被动，几次想请章乃器写文章反击马寅初，章乃器没有接受。章乃器还于1941年11月在《大公报》撰文《由节制游资说到国民财产总登记》，力主冻结游资、规定法币使用限额、推广票据流通，极力推动经济上路；同时提出对国民的土地、商品、外币、证券和债券等进行财产登记。3、设计工业立体发展，要管理也要自由。他认为中国战时经济体制应“以德国式的统制为主，以英美式的自由为辅”，并且建构了自己“工业立体发展理论”。他说“现代的战争是立体战争，现代的工业发展也应该是立体的发展。”工业组织和技术单向发展，只能是重复建设和技术浪费，有数量没有质量。他全面提出战士生产的八个要求：“甲、适当分配工业地域；乙、统筹供给工业资金；丙、确立工业生产计划；丁、管理原料动力与技术；戊、实施设厂核准制；己、厉行生产标准化；庚、确定工业保障。”他提议“经济部应该有一个强有力的技术团，那里面不但要容纳国内第一流的技术专家，而且要即速展开外交活动，更多的邀请英、美、苏各国有经验的技术专家，担任工业立体化的指导工作。”4、对如何发展民族工业和使用外资，提出看法。他认为战后须克服两个难题：〈1〉怎样最大限度使用国内私人资本而又力避资本主义；〈2〉如何最大限度吸引外资而又保护民族工业。他主张制定法律保护民族工业，鼓励其扩大规模以与外抗衡。
