小规模纳税人只能开具3%的增值税专用发票，开具增值税专用发票后，必须同增值税普通发票一起申报，不过两者的填写方式不同，登录电子税务局，点击我要办税，再点击税费申报及缴纳.进入税费申报主界面，点击增值税(适用小规模纳税人)后面的填写申报表.页面弹出申报方式，点击申报.进入增值税纳税申报表填写界面，核对税款所属期.小规模纳税人通常按季度申报，比如第一季度就是1至3月份.把申报表往下拉，进入填写界面.。小规模纳税人自开增值税专用票的金额填写在:第2栏。小规模纳税人季度收入大于30万时，开具的增值税普通发票金额填写在第3栏。小规模纳税人季度收入小于30万时，开具的增值税普通发票金额填在第10栏。申报表的第1栏金额=第1栏+第2栏。最后，应交的税金，显示在第24栏。申报表填写完毕后，点击页面右上角的申报。页面弹出申报提交中，会弹出提示:已申报成功，小规模纳税人自开专票的申报就完成
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