1. 数据格式
将环境数据和生物数据按下图形式放入一个表格中，首列为样品名，首行为环境理化因子或者相关生物参数名称。数据选择适当的标准化，例如，除pH外，所有环境数据进行log处理。
2. ****所需程序包
ggplot2、plspm、vegan、ggrepel
3. ****路径分析步骤
3.1 安装和加载程序包，及数据读取
3.2 设置路径图
3.3 计算膨胀因子，变量的膨胀因子VIF需<10（或者20）
3.4 路径分析
4. 图形制作及精修
4.1 结果及图形参数
将模型结果复制到Excel表格中，直接路径系数0.1–1对应线宽0.5–1.0 pt。如图：
4.2 作图-路径图
新建AI画布（180×180 mm，出血2 mm），采用不同形状和颜色的模块，并用带箭头线段连接，线段粗细为4.1中计算的线宽pt。正值和负值直接路径系数分别用实线和虚线表示。模块名称用10 pt大小，使用Arial字体。草图如下：
4.3 精修图-路径图
将4.2路径图作为模板，其他水层或样点可在此基础上进行修改。沿路径方向添加直接路径系数，路径系数与线段之间间距保持半个字符间距，并位于线段中心处。路径系数字体大小≥ 8 pt。将结果的Inner Model中，路径Pr值小于0.1作为所谓“显著”路径，并在图中用红色线条显示。
4.4 总效应柱状图
复制4.1结果中各变量对生态位宽度（SEA）的总路径系数，在Sigmaplot绘制柱状图，柱状图纵坐标设置为-1到1，刻度间隔为0.5，如下图：
4.5 组合图制作
**4.6 **添加R 2 ****
可理解为模型对每个模块的解释能力，这里只选择对个体大小（DW）和生态位宽度（SEA）的R 2 。如下图：
4.7 将结果呈现在对应柱状图内的左上角
R 2 与左、上边缘间隔一个字符间距（可用小写o作为标尺）。最终效果图如下：
将组合图在180*135 mm（包括了2mm的出血或天地边）画板中调至合适大小，图中路径系数最终字体大小为6.5 pt，block变量框中字体大小为7 pt，柱状图坐标轴刻度及R 2 字体大小为9 pt，其他标注及坐标轴项目均为10 pt。边框、柱状图及坐标轴棒描边均为0.5 pt，描边颜色为纯黑色（000000）。温度（Temp）、营养盐（NOx或TN和TP）、物理化学（EC或CO 2 aq）变量模块用浅蓝色填充（A8C0DD）；Chl a变量模块用暗绿色填充（A6E266）；DW和SEAB变量模块用棕色填充（C69F4A）。AI导出TIFF格式图形，并设置颜色类型为RGB，分辨率为1100 ppi，勾选“LZW压缩”，取消“嵌入IOC配置文件”。该图用Photoshop打开，并“另存为”，勾选“LZW压缩”，至此，完成图表的压缩。最后检查图表，是否放大800倍，线条仍无锯齿，且图小于2 M为最佳。
参考文献