呼吸内科：吉林大学第二医院呼吸内科，由第一军医大学发展而来，成立于1984年，是呼吸系统疾病的重要诊治中心，拥有40张床位和32名专业人员，其中包括众多硕士、博士及留学归来的高级医师。科室在科研和临床方面表现出色，近10年来，承担多项科研项目，发表210篇论文，荣获多项科技进步奖。特色服务包括疑难病专家会诊、间质肺疾病诊疗、介入治疗、肺功能检查及机械通气等，赫国志教授是科室创始人，医术精湛，专家阵容包括魏剑琴、陈学奎等。
肾病内科：成立于1982年，作为省内领先科室，擅长肾移植等复杂手术和特色疗法，通过引进和学习先进技术保持领先地位。特色技术包括肾脏穿刺活检、移植肾穿刺、血液透析滤过、结肠透析等，重视人才培养，拥有多个级别的专家，如博士和硕士。
心脏介入科：1999年成立，人才梯队完善，拥有10人国内进修经历和5人海外背景，成功案例众多。李淑梅、刘万车等知名专家引领心脏介入治疗，技术成熟。
消化内科：与消化内镜科合并，技术全面，尤其擅长内镜治疗，包括超声内镜、胆胰管疾病和肝脏介入，是吉林省消化内镜诊治中心，科主任于建勋教授在内镜治疗领域经验丰富。
血液科：1999年建立，14人团队，姜玉珍教授研究血液病和淋巴浆细胞疾病，王秀丽等副教授擅长肿瘤化疗和移植，重视高级人才培养。
神经内科：43人团队，研究脑血管病、头痛和帕金森病，特色包括介入溶栓、头痛诊治、帕金森病治疗。于挺敏、胡国华等专家提供专业服务，包括A型肉毒毒素治疗肌张力障碍和脑循环治疗仪支持。
吉林大学第二医院，原名白求恩医科大学第二临床学院，创建于1948年，前身是始建于1936年的伪满新京特别市立医院，从1950年起，先后更名为军委长春军医大学第二学院、第三军医大学第二学院、第一军医大学第二临床学院，1958年集体转业后，称为长春医学院第二临床学院，1959年改名为吉林医科大学第二临床学院，1978年8月正式定名为白求恩医科大学第二临床学院。2000年6月五校合并后改名为吉林大学第二医院。吉林大学第二医院地处长春市中心，占地面积41364平方米，建筑面积69918平方米。
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