两者所采用的灭菌方法是不同的，原理也是不一样的。
灭菌，是指杀灭或者去处物体上所有微生物，包括抵抗力极强的细菌芽孢在内。注意，是微生物，不仅包括细菌，还有病毒，真菌，支原体，衣原体等等。
消毒，是指杀死物体上的病原微生物，也就是可能致病的微生物啦，细菌芽孢和非病原微生物可能还是存活的。
医院诊疗器械按污染后可造成的危害程度和在人体接触部位不同分为三类：高度危险的器材穿过皮肤、粘膜而进入无菌的组织或器官内部，或与破损的皮肤粘膜密切接触的器材，如手术器械、注射器、心脏起搏器等。
扩展资料：
两者选用的处理方法不同。灭菌与消毒相比，要求更高，处理更难。灭菌必须选用能杀灭抵抗力最强的微生物(细菌芽孢)的物理方法或化学灭菌剂，而消毒只需选用具有一定杀菌效力的物理方法、化学消毒剂或生物消毒剂。
将灭菌的处理方法用于消毒不仅是杀鸡用牛刀没有必要，而且还会产生本来可以不发生的副作用;而如果将消毒的处理方法用于灭菌，将会导致灭菌失败。
低度危险器材和物品不进入人体组织，不接触粘膜，仅直接或间接地与健康无损的皮肤接触，如果没有足够数量的病原微生物污染，一般并无危害，如口罩、衣被、药杯等，消毒效果都是特别好的。
参考资料：