截至2013年,公园内植物资源有维管束植物216科、855属、2232种,植物种类占亚热带植物区系的86%,其中包合国家保护植物28种和瑶山特有植物62种。有国家一级重点保护植物银杉、伯乐树、南方红豆杉等6种;二级保护植物白豆杉、福建柏等16种。
金秀大瑶山既是“中国八角之乡”,又盛产高山云雾茶、灵香草、绞股蓝、甜茶、香菇、木耳、竹笋等。其中被誉为“南方人参”的绞股蓝系列保健产品已远销国内以及东南亚、欧洲、非洲等国内外市场。金秀大瑶山有中草药1351种,是广西最大的天然药物基因库。
有陆栖脊椎动物481种,其中鸟类287种,占广西鸟类的60%,占中国鸟类的22%;两栖类占广西的75%;有昆虫 21 目168科、570属、853种;有国家一级保护动物瑶山鳄蜥、金斑喙凤蝶等6种;国家二级保护动物猕猴、白鹇等46种。