环境会计在农村环境保护中的应用有环境资产、环境负债、环境收入、环境费用等的核算。
一、环境资产
环境资产指的是企业在已经取得的，并且可能会产生效益的、以货币形式计量的环境资源。在会计工作中可通过设立具体的科目来反映或确认环境资产。在资产类科目中按照保护环境的各项投入设立“环境资“环境资源投资”和“自然资产”等。
例如用于反映矿业企业应从环境污染方取得的赔偿款的“应收环境破坏赔偿款”；用于反映在生产、经营管理过程中，矿业企业由于提供了相关环境治理服务应取得款项的“应收环境治理款”，用于反映由于环境保护应取得的“环保补贴款”。
二、环境负债
环境负债指的是企业已经发生的、和环境成本有关的、并且符合复杂确认标准的义务。在生产经营活动中如果企业对周围的生态环境产生了不良影响，企业应当因此承担一定的责任，从而形成负债。
而目在当前矿业城市环境治理任务非常艰巨的形势下，环境治理的支出成本费用通常较高，所以，在会计报表信息中，应当全面反映出债务。同时，还要通过有效手段对企业以后有可能出现的负债进行报告。
三、环境收入
环境收入指的是在会计报告中用来表示企业积极做好控制环境污染工作、积极保护环境，在此过程中所得到的经济效益。环境保护收入充分反映矿业企业在减少对环境不良影响，保持生态环境的平衡中获得的经济效果。
按照计量依据的确定情况来划分，可将环境保护收入分为两种:推定收入与实质收入。实质收入主要是指可通过现有的财务会计数据计量的收入。
四、环境费用
在传统会计工作中，人们在核算环境费用时，只是对企业的环境保护费用进行简单计算，但实际上这只是环境费用的很小的部分，无法全面地反映环境费用的。
在完整的会计核算中，环境费用还应当包含以下其他方面的内容，例如生态资源保护费用、自然资源耗减费用等。只有全面准确地计算环境费用，才能够真实地披露环境保护所需的成本费用。
实行环境会计的重要意义：
长时间以来，在传统的会计核算工作中，通常忽视了环境资源，没有把它当做企业的一种资产进行核算。忽略了对“自然成本”的计算，只计算人工成本。矿业企业在核算成本时，往往没有计算自然资源以及环境污染的成本，而只是对制造成本进行简单核算。
这种忽视矿产资源的做法导致矿业企业为减少制造成本，大量占用生态资源，从而陷入高污染、高投入、低效率的困境，这不仅直接阻碍了企业的长远健康发展，也对城市乃至社会的可持续发展带来一定的影响。
为了处理这些环境问题，政府管理部门采取了一些措施，如要求严格执行矿山复垦保证金制度等举措，取得了一定的效果。但就目前情况而言，依然没有建立一套完善的能够充分披露环境信息的体系。因此，实行环境会计对于矿业城市的环境治理具有十分重要的意义。