根据上述职责，市机关事务局设12个内设机构：
（一）办公室。负责工作目标、文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、后勤等工作；负责办理人大代表建议和政协委员提案。
（二）财务处。负责市级机关集中办公区后勤服务经费管理工作；负责局机关年度经费预、决算编制和各类经费的管理、核算工作；审核局直属单位年度经费预、决算，指导局直属单位财务管理工作；组织局机关及直属单位财务人员的业务培训。
（三）节能管理处。拟订市级公共机构节能规划和节能降耗、合理利用能源的制度措施并组织实施；监督管理全市公共机构节能工作，推行目标责任制和考核评价制度；推行能源消费计量制度，制定能源消耗定额；负责市级公共机构节能产品、设备的采购和监督；负责市级公共机构能源审计；组织开展公共机构节能宣传、教育和培训工作。
（四）房屋管理处。负责管理市级机关和参照公务员法管理事业单位办公用房的建设、分配、维修和改造工作（含基建项目计划立项、审核、报批、监督检查以及房屋普查、建档、统计和查询等工作）；负责市级机关和事业单位住房制度改革工作；指导市级机关公务员集中住宅区改造工作；指导局直属单位承担的房屋维修、改造工作。
（五）车辆管理处。贯彻执行国家、省、市公务用车相关政策规定，拟订全市机关和事业单位车辆使用管理办法并组织实施；负责全市机关和事业单位公务用车编制、配备、更新、处置工作；负责市级重要会议、活动用车的调配；指导市级机关和事业单位交通安全工作；研究和推进公务用车制度改革工作。
（六）综合管理处。负责市级机关集中办公区行政事务管理；负责市级机关集中办公区物业管理、市级机关后勤服务社会化工作；对后勤保障服务外包项目招标及其合同签订与履约情况进行监督管理；组织协调市级机关爱国卫生和义务劳动等公共事务工作。
（七）保卫处。负责市级机关集中办公区安全保卫工作；指导和协调市级机关社会治安综合治理、消防、人民防空等工作；负责维护市级机关集中办公区内正常工作秩序，配合相关部门处置市级机关集中办公区群体上访和各类突发事件；负责市级机关集中办公区安全防范监控系统使用、维护以及停车场和消防设施设备的管理工作。
（八）生活保障处。负责市级机关集中办公区的后勤保障服务管理工作。
（九）发展指导处。推进市级机关事务管理体制和机关后勤服务体制改革，拟订机关事务管理、后勤保障工作制度；制定市级机关和事业单位国有资产具体管理办法并组织实施；指导市级机关和区（市）县机关的后勤服务工作。
（十）人事处。负责局机关和直属单位的人事管理、队伍建设、机构编制等工作；承办局党组会议和党员领导干部民主生活会议。
（十一）纪检监察处。负责局机关和直属单位的纪检监察、内部审计工作。
（十二）离退休人员工作处。负责局机关离退休人员管理工作；负责局机关计划生育、职工医疗保险等工作；指导局直属单位的离退休人员管理工作。
机关党的组织按照党章和市委有关规定设置。
