一、定义不同
1、绩效审计是指对被审计单位经济活动的经济性、效益性和效果性所进行的审计。其中，经济性是指在获得一定数量和质量的产品或者服务及其他成果时所耗费的资源最少、成本最低；效率性是指一定的投入与产出的比例关系，即一定的投入是否得到最大的产出：效果性则是指被审计单位预期目标的实现程度。
2、企业财务审计，是指审计机关按照《中华人民共和国审计法》及其实施条例和国家企业财务审计准则规定的程序和方法对国有企业(包括国有控股企业)资产、负债、损益的真实、合法、效益进行审计监督，对被审计企业会计报表反映的会计信息依法作出客观、公正的评价，形成审计报告，出具审计意见和决定。
二、审计目标不同
1、绩效审计目标可以分解为三个：
对被审计单位是否经济、高效或有效执行有关政策进行独立审计检查。
对被审计单位和审计对象实现既定目标的程度和所造成的各种影响进行报告，为决策机构提供相关的评价意见。
发现并分析审计对象在经济性、效率性、效果性方面存在问题的迹象或绩效不佳的领域，以帮助被审计单位进行整改
2、财务审计目标：真实性指报表反映的事项真实存在，有关业务在特定会计期间确实发生，并与帐户记录相符合，没有虚列资产、负债余额和收入、费用发生额。
完整性指特定会计期间发生的会计事项均被记录在有关帐簿并在会计报表中列示，没有遗漏、隐瞒经济业务和会计事项，无帐外资产。
合法性指报表的结构、项目、内容及编制程序和方法符合《企业会计准则》及国家其他有关财务会计法规的规定，存货计价、固定资产折旧、成本计算、销售确认、投资、报表合并基础等方法的改变经过财税部门批准，经过调整后没有违规事项。
准确性指准确无误地对报表各项目进行分析、汇总并反映在有关会计报表中。
公允性指编制报表时，在会计处理方法的选用上前后期保持一致，各种会计报表之间、报表内各项目之间、本期报表与前期报表之间具有勾稽关系的数字保持一致。
表达与揭示指会计项目在资产负债表、损益表及现金流量表中被恰当地分类、描述和揭示，并对报表使用者关心或会计报表无法揭示的内容在会计报表附注中予以充分揭示。
三、审计内容不同
1、绩效审计它包括:
审计被审单位管理活动的经济性；
审计被审单位的人力、财务及其它资源的利用效率；
审计其业绩效益,并根据预期影响,审计其活动的真实影响。
2、财务审计首先要检查各类报表是否编报齐全，仔细阅读报表说明，注意报表反映的会计期间的财务状况、经营成果以及资金变动情况与其他会计期间的分析对比，有关重大影响因素是否予以揭示，并要结合报表内容的审计，验证报表附注说明是否真实。
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