医院科室设置齐全，设有急诊科、内科、外科、妇科、产科、儿科、五官科、口腔科、皮肤科、泌尿科、中医科、肝病科、医学影像科、检验科、重症监护室和标准层流无菌手术室等30多个现代化临床诊疗科室，医院还设有健康管理中心，为广大客户提供体检及健康管理服务。
医院技术力量雄厚，由我国泌尿外科（男科）学科带头、北京大学泌尿外科医师培训学院院长、中国工程院院士郭应禄教授担任顾问；我国知名微创专家钟诚担任业务院长。现有各类优秀医学人才280多名，其中，教授主任16人，副主任医师61人，中级职称86人。博士生2人，硕士生6人，硕士研究生3人。
医院坚持走科技兴院之路，斥巨资从国内外引进一系列尖端的诊疗设备，包括：西门子核磁共振成像系统、西门子螺旋CT机、PET/CT直线加速器、西门子模拟定位机、数字化X线检查系统（DR）、宫（腹）腔镜、TCT检测仪、前列腺电切系统、前列腺腔道介入治疗系统、四维彩色超声系统、生化分析仪、急救呼吸设备等在内的大型医疗设备200多台（套），为保障医疗质量与安全，不断提高技术水平，奠定了良好的基础。
医院先后开展东莞首例美国绿激光治疗前列腺增生手术、大型结肠癌根治术等大型高科技手术，成功抢救中央性前置并植入胎盘大出血产妇、脑出血入第三脑室等危重患者，显示出强大的技术力量。
医院坚持“惠民医院”、“平价医院”的经营模式，实行电脑收费存档备查制度，规范医疗收费，让广大患者透明消费、放心就医；开设特需门诊和VIP病区，为有需要的人群提供高端服务。医院倡导“无红包医院”，构筑良好的医患关系，被中国医疗机构协会授予“医德医风示范医院、优质服务品牌医院”的殊荣。
东莞港湾医院秉承“以病人为中心，以质量为核心，一切为了人民的健康”的办院方针，积极投身公益事业建设，2009年底，捐资300万与长安妇联一起建设“女性健康关爱”工程。得到社会各界的一致好评。
