1、形式不同
寓言故事是文学体裁的一种。含有讽喻或明显教训意义的故事。它的结构简短，多用借喻手法，使富有教训意义的主题或深刻的道理在简单的故事中体现。寓言的故事情节设置的好坏关系到寓言的未来。
所以，寓言不仅要深恶痛绝地抨击和揭露伪、恶、丑，而且要热情地赞扬和歌颂真、善、美。寓言作者应该大胆追求、勇敢探索更高的思想境界和艺术境界，创造出崭新的为人民群众喜爱的寓言。
神话故事是民间文学的一种。远古时代人民的集体口头创作。神话作为民间文学的一种形式，它是远古时代的人民所创造的反映自然界、人与自然的关系以及社会形态的具有高度幻想性的故事。
包括神鬼的故事和神鬼化的英雄传说。神话的产生和原始人类为了自身生存而进行的同大自然的斗争结合在一起。
2、来历不同
“寓言”一词，最早见于《庄子》的寓言篇。它往住叙述一个小故事，而又于具体的情节中，隐含着一种更深刻的思想，常语带双关，藉以阐发哲理，印证观念，而在春秋战国时期，这样的叙述方式就常被先秦诸子及史传使用，以作为陈说辞理的手段。
神话是远古时期的产物，它的流传又因为社会性质的改变而造成变形或消亡，因此它的保存特别依赖于古文献的记录。
由此可见，神话所反映的是原始人对客观世界的认识，它是一种反映现实的观念形态，也是产生在一定经济基础之上的上层建筑。只是由于神话反映客观世界是通过人类童年期自发的、幼稚的幻想的折光，因而呈现出独特的形态。
3、特点不同
寓言具有鲜明的哲理性和讽刺性。主人公可以是人，可以是拟人化的生物或非生物。首先要有一个通俗简单的故事。精彩的故事是寓言成功的开始，寓言的篇幅短小，其目的是寓事说理。通过讲述故事来达到说理的最终目的，故事情节设置的好坏关系到寓言的未来。
不论是世界文明发生最早地区的原始社会民族，还是当今世界上还处在原始社会的民族，他们流传的许多神话故事都大同小异。
神话具有一定的地域性和区域性，不同的文明或者民族都有自己所理解的神话含义。在全球各地，也出现过对同一种现象充满惊人相似性描述的神话。例如关于上万年前的全球大洪水的神话在许多地区的同一时期都有类似的描述。