显微镜是精密仪器，使用时必须按照操作规程，做到细心和耐心，切勿操之过急，动作过猛，以防操作失误而损坏构件。
不要用手触摸光学玻璃部分，同时防止剧烈碰撞而损坏构件。
使用前要清洁镜身和透镜，观察时一定要加盖玻片，同时不要让玻片上的水流到载物台上，更不要让酸、碱及其他化学药品接触显微镜，不要让显微镜在阳光下曝晒。
使用微螺旋时，如遇到不能继续向同一方向转动而到达极限时，不能蛮转，应向相反方向退转，并转动粗调焦螺旋，然后再用微调螺旋进行细调。
使用时不要自行拆卸和安装，更不要随便卸下镜头，也不能在不同显微镜之间随便调换目镜或物镜。
目镜功物镜如有不洁时，要用擦镜纸作直线方向揩拭，切勿用手指或手帕及棉布涂擦。目镜或物镜如沾有油污，可先用擦镜纸沾上少许二甲苯（或无水乙醇和乙醚1∶1）擦拭干净，再用干净擦镜纸揩拭一遍。
使用方法：
1．搬动显微镜时，要一手握镜臂，一手扶镜座，两上臂紧靠胸壁。切勿一手斜提，前后摆动，以防镜头或其他零件跌落。
2．观察标本时，显微镜离实验台边缘应保持一定距离(5cm)，以免显微镜翻倒落地。镜柱与镜臂间的倾斜角度不得超过45度，用完立即还原。
3．使用时要严格按步骤操作，熟悉显微镜各部件性能，掌握粗、细调节钮的转动方向与镜筒升降关系。转动粗调节钮向下时，眼睛必须注视物镜头。
4．观察带有液体的临时标本时要加盖片，不能使用倾斜关节，以免液体污染镜头和显微镜。
5．粗、细调节钮要配合使用，细调节钮不能单方向过度旋转，调节焦距时，要从侧面注视镜筒下降，以免压坏标本和镜头。
6．用单筒显微镜观察标本，应双眼同时睁开，左眼观察物像，右眼用以绘图，左手调节焦距，右手移动标本或绘图。
7．禁止随意拧开或调换目镜、物镜和聚光器等零件。
8．显微镜光学部件有污垢，可用擦镜纸或绸布擦净，切勿用手指、粗纸或手帕去擦，以防损坏镜面。
9．凡有腐蚀性和挥发性的化学试剂和药品，如碘、乙醇溶液、酸类、碱类等都不可与显微镜接触，如不慎污染时，应立即擦干净。不要任意取下目镜，谨防灰尘落入镜筒。
10．使用油镜观察样品后，随即用二甲苯将油镜镜头和载波片擦净，以防其他的物镜玻璃上沾上香柏油。二甲苯有毒，使用后马上洗手。11．实验完毕，要将玻片取出，用擦镜纸将镜头擦拭干净后移开，不能与通光孔相对。用绸布包好，放回镜箱。切不可把显微镜放在直射光线下曝晒。
11．实验完毕，要将玻片取出，用擦镜纸将镜头擦拭干；