哈尔滨工程大学在青岛校区建有青岛产学研基地，该基地占地1300亩，总投资达26亿元，总建筑面积80万平方米。基地内设有海岸线和码头，旨在建设教育科研、人才培养、科技产业、孵化和软件研发等多功能设施，拥有6个国家级重点实验室，其中与海军装备部共建2个。基地一期工程于2010年启动，预计5年内完成，届时将能容纳超过12000名学生。
此外，该校还在江北科技创新园规划了约18万平方米的区域，包括应用技术研究、工程化研究、中试和实验基地，旨在打造国内领先、国际先进的船舶及海洋工程设计、船舶动力工程、光电技术、新能源和系统建模仿真等研究院。创新园将助力地方经济发展，形成基础研究、应用研究到成果转化的全链条科技创新区。
哈尔滨工程大学国家大学科技园总投资6亿人民币，占地7.6万平方米，建筑面积30万平方米，是全国43个国家级大学科技园之一。园区由科技大厦、科技产品研发中心、科技产品交易中心和精英聚居区组成，其中软件园、博士后工作站和电子大市场各具特色。目前，科技园已入驻1100多家企业，年总产值超过30亿元，为哈尔滨创造了大量就业机会，直接和间接带动就业人数超过5万人。大学科技园以“领航高科技，创造新生活”为主题，制定了可持续发展战略，为园区企业拓展了广阔的发展空间。
哈尔滨工程大学，始建于1953年的中国人民解放军军事工程学院（“哈军工”），现隶属于中华人民共和国工业和信息化部，由国防科工委、教育部、中国人民解放军海军、黑龙江省政府四方共建。学校是首批入选国家“211工程”建设、教育部“985优势学科创新平台”高校、国家“111计划”重点建设院校、教育部首批“卓越工程师教育培养计划”高校、总政治部“21世纪人才强军计划”高校、设有研究生院和拥有国家大学科技园的全国重点大学，是我国“三海一核”（船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用）等领域重要的人才培养和科学研究基地。