鹤壁市审计局设有多个内设机构，各司其职，确保审计工作的高效进行。以下是主要部门及其职责：
1. 办公室: 负责机关日常政务、审计会议组织、文件起草及管理，制定审计规划，处理文电事务、保密、统计等工作，管理局属单位人事和机构编制，负责机关党的建设和思想政治工作，以及离退休干部事务。
2. 财政审计科: 主要审计市本级预算执行情况，涉及税务、国库和县区政府预算，对市财政局、地税局等进行财务收支审计，指导县区财政审计业务。
3. 行政事业审计科: 审计与市财政资金相关的政府机关、党派、社会团体等的财务收支，组织行业审计和专项资金审计，指导县区行政事业审计。
4. 农业与资源环保审计科: 审计农业与资源环保部门及其直属单位的财务，审计相关专项资金使用情况，指导县区农业审计。
5. 经贸审计科: 监督国有企业和国有控股企业的财务，对政府所属部门及直属单位进行审计，指导县区经贸审计。
6. 社会保障审计科: 审计社保基金和福利资金，审计国有金融机构和投融资机构，指导社会保障审计。
7. 固定资产投资审计科: 审计重点建设项目预决算，对市直事业单位和政府投资项目进行审计，指导县区固定资产投资审计。
8. 外资运用审计科: 审计国际援助项目和外资企业，对部分市直部门进行财务审计，指导县区外资审计。
9. 法规科: 负责审计法规审理和监督，组织审计业务质量检查，受理审计行政复议和诉讼。
10. 综合科: 制定经济责任审计规定，审理复核审计项目，报告审计工作，负责机关文秘和行政事务。
11. 党政经济责任审计科: 负责市直和县区党政领导干部的经济责任审计。
12. 企事业领导干部经济责任审计科: 审计事业单位和国有企业领导人员的经济责任。
13. 计算机审计中心: 组织指导计算机审计工作，提供技术服务和培训。