1907年7月7日，浙江巡抚张曾敫在得知徐锡麟刺杀恩铭的消息后，下令绍兴知府贵福逮捕秋瑾。10日，秋瑾得知安庆起义失败，内心忧虑，在家中哭泣，预见到清兵将至，她指挥众人隐藏枪支，销毁名单，并疏散学生。有人劝她逃走，但她坚决，决定以身殉国。
山阴县令李钟岳对秋瑾的学问和诗才非常赞赏，曾引用她的诗句“驰驱戎马中原梦，破碎山河故国羞”来教导其子，认为秋瑾的才华远超常人。因此，对于逮捕行动，李钟岳持反对态度，故意拖延，让学校师生得以逃走。
7月13日下午，贵福将秋瑾召至府署，严厉要求她执行命令，否则将上报谋逆。秋瑾面对巡抚的电令，沉默不语，仅提及自己曾参与大通。被捕后，秋瑾在李钟岳的审讯中，始终坚贞不屈，只写下“秋风秋雨愁煞人”七个字，表达了她的悲愤之情。在审讯过程中，秋瑾详细陈述了自己的经历，写下千余言的自述。李钟岳对秋瑾的态度犹如对待贵宾，而非审讯犯人，这让贵福不满，要求使用严刑逼供。
15日凌晨，贵福下达命令，李钟岳在惋惜中执行了秋瑾的死刑。在行刑前，秋瑾要求死后不剥衣服，备棺木，以及写一封家信。她从容面对死亡，表现出高尚的气节。1907年7月15日清晨4点，秋瑾女士在轩亭口英勇就义，享年31岁，她的事迹和精神永载史册。
轩亭口，自古以来一直是绍兴的闹市区，其位于府横街的东端与南北的“大街”（建国后易名为“解放路”）的接合处，形成丁字路口。因为古代已在此建有轩亭口，故得名。