1. 呈现方式不同：
纸质发票以传统的纸质形式展现，而电子发票则以数字化格式存在。
2. 保存方式不同：
纸质发票需要妥善保存在纸质介质中，电子发票仅需保存电子副本，如有需要可随时打印，避免了因纸质丢失而无法找回的问题。
3. 开票成本不同：
与传统的纸质发票相比，电子发票管理系统能够在线开票，从而减少了发票的工本费用、税控机的成本以及相关的人力成本。
4. 发票联次不同：
纸质专票通常分为三联版和六联版，基本联次为三联：第一联为记账联，供销售方记账使用；第二联为抵扣联，供购买方用于扣税；第三联为发票联，供购买方记账使用。电子专票则只有一联，对销售方和购买方都相同。
5. 丢失的处理方法不同：
如果纸质专票丢失，根据不同情况采取相应措施。如果两联都丢失，需要取得开票方加盖其发票专用章的记账联复印件；如果丢失其中一联（发票联或抵扣联），可以用另一联的复印件替代。对于电子专票，如果丢失或误删，可以根据发票代码、发票号码、开票日期、开具金额（不含税）等信息，在全国增值税发票查验平台查验通过后，下载电子专票。如果不掌握这些信息，也可以向开票方重新索取原电子专票。
法律依据：
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三条：发票的基本联次包括存根联、发票联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查；发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证；记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。省以上税务机关可根据发票管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除发票联以外的其他联次，并确定其用途。
第七条：全国统一的发票防伪措施由国家税务总局确定，省税务局可以根据需要增加本地区的发票防伪措施，并向国家税务总局备案。发票防伪专用品应当按照规定专库保管，不得丢失。次品、废品应当在税务机关监督下集中销毁。
第十条：监制发票的税务机关根据需要下达发票印制通知书，被指定的印制企业必须按照要求印制。发票印制通知书应当载明印制发票企业名称、用票单位名称、发票名称、发票代码、种类、联次、规格、印色、印制数量、起止号码、交货时间、地点等内容。
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