水利水电工程专业
本专业于1965年首次招生，是我省第一个水利水电高等教育系科。专业针对云南省丰富的水资源和水能资源，紧紧把握云南高原山区水利水电工程特殊的地域特征和高原灌区旱作农业分布广泛，旱涝、泥石流等灾害频发的区域特点办学，办学40余年，逐步形成了教学、科研、生产相结合的鲜明特色。截至2007年底，水利水电工程专业已经毕业学生近2000人，广泛分布于全省各地（州）、县（市）水利水电及其它部门，大部分已经成为云南水利行业的中坚力量。
1998年经国务院学位委员会批准，在学院设立农业水土工程硕士点，招收水工建筑、区域水资源开发利用和水资源技术经济三个方向的硕士研究生。水利水电工程为省级重点专业，所依托的水利学科为云南农业大学校级重点学科；农业水土工程硕士点为云南省省级“十一五”重点学科，研究内容主要侧重于中、小型水利水电工程建设及水资源开发、利用、规划和节水灌溉的理论与实践。
学生毕业后能在水利、水电、水土保持、国土资源等部门从事水利水电工程勘测、规划、设计、施工、管理、教学和科研等工作。
农业水利工程专业
1999年经教育部批准在云南农业大学水利水电与建筑学院设置农业水利工程专业，2000年9月开始招生，已有四届毕业生。专业前身为农田水利工程，云南农业大学水利系1965年首次招生即为该专业，后改为水利水电工程专业。1998年高等学校本科专业目录调整，将农田水利工程改为农业水利工程，并归入为农业工程类，因此在全国有二十多所高校设有农业水利工程本科专业中，云南农业大学水利水电与建筑学院为较早设置该专业的学院之一。水利水电工程学科有40余年办学历史，农业水利工程是水利工程学科的一个重要分支。专业所依托的水利学科为云南农业大学校级重点学科；水利水电工程为省级重点专业；农业水土工程硕士点为云南省省级“十一五”重点学科，2004年批准成立水资源与节水灌溉重点实验室，研究内容主要侧重于农田水利工程建设及水资源开发、利用、规划和节水灌溉，为该专业奠定了良好的学科发展基础。
学生毕业后能在水利、农业、水土保持、国土资源等部门从事农业水利工程勘测、规划、设计、施工、管理、教学和科研等方面工作。
建筑环境与能源工程专业
本专业专科于1989年9月正式招生，本科专业1996年9月招生。专业所依托的水利学科为云南农业大学校级重点学科；水利水电工程为省级重点专业，专业基础实验教学由校级工科专业基础实验教学中心（岩土实验室、材料与结构实验室、测量实验室）承担，其中材料与结构实验室为专业基础实验室，此外院专业模型室：工程制图室、建筑绘画室、地质标本室等为农业建筑环境与能源工程专业提供了教学保证。专业建设始终以教学、科研为中心，以全面提高人才培养质量为目标，形成了毕业生知识面宽，就业范围广，适应能力强，发展潜力大等优势，毕业生的就业率一直保持在较好水平。多年来，培养了一批又一批优秀毕业生，为边疆的现代化建设做出了应有的贡献。
学生毕业能在城乡建设、建筑工程、设施农业与农村能源建设等领域从事规划、设计、施工、管理和科研等方面工作
资源环境与城乡规划管理专业
资源环境与城乡规划管理专业自2000年申报批准，2001年正式面向全国招生。本专业立足边疆城镇现代化建设，以全面提高人才培养质量为目标开展专业建设，本着“厚基础，宽口径，强能力，广适应”的宗旨，以城镇建设规划、设计、管理和科学研究为专业特色，精选专业课，稳步推进实验室和实践教学基地建设，努力强化实践教学环节，积极培养应用创新型人才。本专业依托的水利水电与建筑学院有40余年的办学历史，其测量实验室、地理信息系统与遥感实验室、工程制图室、建筑绘画室等为专业提供了教学证。
毕业生可以从事建筑设计、城镇规划设计及建设管理，相关领域可以拓展到从事景观规划设计、房地产项目策划及管理、装饰设计等工作。
土木工程专业
该专业是在水利水电工程专业、农业建筑环境与能源工程专业的基础上，经整合而形成的新办专业，本专业2003年获云南省教育厅批准，2004年开始招生。
该专业立足云南边疆，以全面提高人才培养质量为目标开展专业建设，办学中坚持教学、科研、生产的有机结合，本着“厚基础，宽口径，强能力，广适应”的宗旨，以房屋建筑与结构工程设计、施工、管理和科学研究为专业特色，精选专业课，稳步推进实验室和实践教学基地建设，努力强化实践教学环节，积极培养应用型、复合型人才。本专业依托的水利水电与建筑学院有40余年的办学历史，其校级工科专业基础实验教学中心：岩土实验室、材料与结构实验室、测量实验室，以及院专业模型室：水利工程制图室、地质标本室、水工模型室等为专业提供了教学保证。
学生毕业能在城乡建设、建筑工程、水利、水电建设等领域从事勘测、设计、施工、管理和科研等方面工作
水土保持与荒漠化防治专业
该专业于2002年正式批准，2003年开始招生，目前已招收了五届本科生，专业的建设经历了四年多的不断充实和完善，从最初仅有10位教师，通过引进与送出去的培养方式，培养博士5位，硕士10位，到现在已经增加了一倍多，从而奠定了较可靠的师资队伍。
该专业的建设是在依托我院雄厚的水利实力基础之上，充分发挥和借助学院的优势，本着以水保的工程措施作为主要方向，兼顾林业、农业等其它水保知识的扩展，使本专业具有自己的特色。为了加强了专业的基础知识与基本功的训练，使得学生获得可持续发展与领域空间扩展的能力，本专业借助现有的工科实验中心的测量、材料、结构、岩土、信息遥感等实验条件，成立并在进一步完善水资源与节水灌溉重点实验室的建设，并与校外的曲靖麒麟、晋宁水土保持示范中心、松花坝、陆良水文站等校外实验室试验实习基地有着良好的协作，为专业的实践教学开展建立了良好的平台。
人才就业方向：学生毕业能在水利、农业、林业、环境保护、国土资源等部门从事水土保持与荒漠化防治的规划、设计、施工、管理和科研等方面工作
