据“水利部中国科学院水工程生态研究所”网站资料：设有4个管理部门，4个科研部门，3个技术支撑与咨询服务部门。 水利部水工程生态效应与生态修复重点实验室
水利部水工程生态效应与生态修复重点实验室 (以下简称实验室)是经水利部评审认定的部级重点实验室（水国科【2011】677号文），依托单位水利部中国科学院水工程生态研究所。实验室以水利事业发展需求为目标，以水利水电工程建设生态与环境问题及其相关减缓措施的基础及应用研究为主攻方向，旨在揭示水利工程对自然水文过程的影响及生态后效，构建河湖健康与生态安全评价体系，探寻受损生态系统恢复、重建对策，发展生态水利及水生态修复的新途径，建立水生态规划与生态系统管理的理论和技术体系，为实现我国水利科技事业的可持续发展提供理论、技术和人才支撑。
至2014年，实验室有固定人员30人（含2名双聘专家），其中正高级职称人员13人；副高级职称人员8人；中级职称人员9人。客座人员26人，其中正高级职称人员15人、副高级职称人员9人、中级职称人员2人。固定人员中拥有国家杰出青年基金获得者1人，中国科学院“百人计划”引进人才2人，国务院政府特殊津贴获得者3人，在国际学术组织任职和担任国际期刊的主编或编委14人次。目前实验室承担省部级以上科研项目63项，其中固定人员主持的项目有国家自然科学基金17项，水利部公益性行业科研专项经费项目3项，科技部国家科技支撑计划项目及课题各1项，共计经费5546万元。自2011年底以来，以实验室为产权单位共在国内外重要刊物上发表学术论文42篇,其中被SCI收录13篇；获国家授权专利5项。实验室设立了开放基金，目前拟资助第一批课题，经费共计50万元。（数据统计截至2012.12.27） 办公室（人事处）
职责：协助所领导组织制定并执行全所性规章制度，组织制定与本部门职能相关的管理制度，协助所领导组织所办公会议、年终工作会议等行政性会议的会务工作及会议相关决议的督办；负责研究所人事档案管理、职工培训、工资审核调整、单位职工社会保险类的管理、专业技术人员任职资格评审和报审、岗位聘用及考核等工作；负责研究所信访、国家安全、保密、安全保卫、安全生产工作，根据研究所的授权，负责组织本所的政务信息及对外宣传管理工作等。
党委办公室（监察审计处）
职责：协助所党委制订党务、纪检、监察等方面的管理制度，并监督执行；负责组织宣传学习和督促执行党的路线、方针、政策及上级党组织的决议决定，组织安排所党委各种会议、学习和重要活动；负责党风廉政建设工作，对党员进行管理，督促党员履行义务，保障党员的权利不受侵犯，对党员进行监督等。
科研计划处
职责：协助所领导进行研究所中长期发展规划的制订、科研工作相关管理制度的制定工作；组织科研计划的编报和科研项目的申报工作，负责研究所科研工作年报的编制；负责科研外事计划、学术交流、科普宣传的组织工作，水工程生态讲坛、中国水利学会水生态专业委员会的日常工作，研究所参与相关学术团体活动的管理工作等。
财务资产处
职责：协助所领导根据国家财经政策和上级有关规定，研究确定合理的经济运行模式；负责组织编制单位年度经费预、决算报表和年度经费收支计划，并监督和控制预算和计划的实施等。 水生生物学研究室（水生态评价处）
主要开展 水生态监测、水生态评价和水生态保护研究、相关规划及新技术示范与推广工作，针对当前存在的水生态问题，主要利用水生生物开展诊断河流、湖泊和水库健康工作，通过研究生态系统食物网结构，提出河流、湖泊和水库生态系统健康技术指标及生态预警对策，为国家实施可持续发展战略提供理论与技术支撑。
保护生物学研究室（濒危物种与资源保护处）
以受水利工程影响的重点或典型水域生境为研究范围，以在生态系统结构和功能上占据关键生态位的重要水生生物物种为研究对象，开展自然及工程胁迫背景下的重要水生生物生物多样性的保护、维持和可持续利用研究。具体研究方向如下： （一）分子生态学与重要水生生物的监测和评估 （二）生物多样性与水生种质资源保护 （三）水库生态学与生物资源利用 （四）鱼类育种学与遗传资源利用
应用生态学研究室（水生态保护与修复处）
致力于运用生态学、工程学原理和技术，研究解决我国面临的水环境污染和水生态退化问题，维护区域生态可持续发展。关注重点区域的生态环境问题，协调社会经济发展特别是水资源开发利用与流域生态环境保护间的关系，提出针对性的生态环境保护与建设方案、管理对策；研究湿地、水域生态系统退化原因，开发湿地生态修复、水污染治理、水华控制等关键技术，恢复与重建良性生态系统；开展生态调查与监测，建立适合我国水环境特点的生物早期预警技术，建立生态系统健康评价的生物指数评价体系；开发水库规模化健康养殖、有机渔业等关键技术，协调渔业发展与环境保护间的矛盾，促进渔业的可持续发展。设有生态规划、恢复生态学、水污染防治、水华控制等4个学科组。至2014年 ，有科研人员16人，其中高级职称8人；具博士学位6人、硕士学位6人。
生态水文学研究室（水生态规划与法规处）
主要针对 水利工程建设对内陆水域生态系统的影响机理与减缓对策开展基础与应用基础研究。以鱼类生态学与水文水力学相关理论与实践为基础，以鱼类与鱼类集合为对象，通过生态学及水文学的知识整合研究水域生态系统的变动规律与驱动因子，为实现水域生态系统服务功能最大化与可持续利用，以及水域生态系统的适应性管理服务。共承担各类项目与任务70余项，初步形成学科方向明确并具备相关基础能力的研究团队。至2014年，研究室有研究人员25人，其中高级职称3人，中级职称人员13人，初级职称人员9人；鱼类驯育实验室与鱼类行为实验室各一处；陆续添置了便携式科研型回声探测仪EY60、多波束剖面流速仪、多功能水质分析仪、便携式显微成像分析系统等野外调查设备。 信息中心
职责：负责《水生态学杂志》的编辑出版及其相关工作；负责研究所图书、杂志、文献、资料的采编、阅览和馆藏；负责研究所信息化建设规划和实施的技术支撑，以及网络和通讯系统的维护和管理等工作。
实验中心（水生态监测中心）
职责 ：负责研究所科研项目中水生态监测样品的检测分析，提交检测数据或分析报告；参与协调水生态监测和检测相关项目的野外调查任务，协助完善采样设计（样点布设、采样频次和采样方法的确定），并制定年度和季度调查工作计划；承担水利部及长江委水生态监测网络的规划与建设任务等。
生态技术工程中心
职责：在系统研究水工程建设和运行的生态学效应基础上，预测评估水工程对水生态的影响，研究集成水生态保护的最新成果，制定水生态保护规划，设计建设并运行管理水生态保护工程，通过实验研究、技术示范、技术咨询、技术指导等研究推广方式，为水工程建设、管理单位提供水生态保护技术支持，为政府决策提供科技支撑 。
