新疆维吾尔族自治区财政厅内设机构包括多个职能部门，以确保高效运作和管理财政事务。以下是部分主要部门的职责概述：
办公室（与机关党委办公室合署）：负责日常行政工作，如文电处理、会议组织、机要保密、财务资产管理以及党群活动指导。
法规税政处：负责起草法规草案，审核文件合法性，处理行政诉讼和复议，以及开展法制宣传教育，参与税收政策研究和建议制定。
预算处：研究财政战略，编制中长期收支计划，管理预算制度，负责省级预决算编制和省级财力管理。
地方财政处：参与财政体制设计，管理转移支付，负责地方政府债务管理和乡镇财政改革指导。
国库处：负责国库管理，财政总预算会计核算，资金调度和总决算编制，管理财政资金账户和国债工作。
综合处：负责交通、物价等领域的预算管理，分析宏观经济，管理非税收入和政府性基金。
行政政法处：管理行政、政法部门预算，负责现役部队和武装警察部队经费，以及出国经费审核等工作。
其他部门如教科文处、工贸发展处、农业处等分别负责教育、工业、农业等领域的预算和专项资金管理。
这些部门共同协作，确保自治区财政系统的有序运行和国家政策的实施。