1、含义不同
成语故事：成语故事是我国历史的一部分，成语是历史的积淀，每一个成语的背后都有一个含义深远的故事。经过时间的打磨，千万人的口口叮传，每一句成语又是那么深刻隽永、言简意赅。
寓言故事：寓言故事是文学体裁的一种。含有讽喻或明显教训意义的故事。它的结构简短，多用借喻手法，使富有教训意义的主题或深刻的道理在简单的故事中体现。
2、地域不同
寓言故事不仅中国有，外国也有寓言故事，比如国外的《伊索寓言》、《克雷洛夫寓言》等；而成语故事是我国历史的一部分，是中国历史流传下来的的。
3、真实度不同
寓言故事是根据事实或者编造的故事向人们讲述一个道理，给人以启发。并且大部分寓言，是为了讲述一个道理而编造的，并没有真实的根据。
成语故事很大部分是历史典故，是发生过的事情，然后人们用一个成语将这些事情总结、浓缩为一个简短的句子或短语，以方便地表达整个故事和故事要讲述的内容，在功能上不一定要有积极的寓意。
4、故事用语特点不同
寓言故事的特点是形象生动，人物活灵活现，来源于生活又高于生活；成语故事的用语特点是：言简意赅、内涵丰富、音韵和谐、寓意深远。
5、意义不同
寓言故事，主要从故事的负面意义起到警示或教育人的作用；成语故事则是以言简意赅的语言讲述故事，提炼出意义深远的故事，或是正面的肯定，也有负面的教训或警示。