小作坊食品生产许可证需要在食品药物监督管理局办理。 一、小作坊食品生产许可证办理流程： 首先要注册公司，办理个体工商户营业执照，准备必要的设备和仪器。然后向质监局提交申请，受理申请后，质监局会派人到现场评审，对食品进行抽样检测，经评审合格样品检测，质监局派发食品生产许可证。 二、小作坊食品生产许可证需要具备以下条件： （一）办理工商注册登记； （二）与所经营的食品种类和数量相适应的生产场所、生产设备和其他设施； （三）具备食品安全管理人员和制定有效的食品安全的制度； （四）设备布局和工艺流程符合国家相关标准的规定。 三、需要提供的材料： （一）食品生产加工小作坊登记申请表； （二）三证合一营业执照； （三）负责人身份证原件复印件 （四）所有员工有效期内健康证； （五）生产工艺流程图和设备布局图； （六）主要生产设备和设施清单； （七）食品安全的规章制度。
《 食品安全法 》第二十九条 国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品流通、餐饮服务，应当依法取得食品生产许可、食品流通许可、餐饮服务许可。