隐孢子虫病的流行病学特征在全球范围内广泛存在，影响着不同地区的发病率和人群分布。
全球各地均有隐孢子虫感染的报告，从热带至温带的六大洲，多达74个国家的300多个地区都出现了病例。感染率与空肠弯曲菌、沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠杆菌和蓝氏贾第鞭毛虫的感染率相近，发达地区感染者较少，占感染性腹泻的2.8%～4.1%，而发展中国家感染率较高，约为4%～11%。
隐孢子虫病主要影响2岁或5岁以下的婴幼儿，男女感染率无显著差异。河北省邯郸市7岁以下儿童的调查结果显示，隐孢子虫检出率为2.17%，其中1～6岁的各年龄组都有感染，3岁和6岁组的检出率较高。西班牙的研究发现，14岁以下儿童感染率为1.93%，1～3岁儿童感染率最高。
免疫缺陷或抑制的群体，如艾滋病患者和器官移植者，其感染率显著高于普通人群。农村、沿海港口城市、卫生条件差的地区和畜牧地区隐孢子虫病的发病率较高。
隐孢子虫病的传染源主要来自病人和无症状感染者，其粪便和呕吐物中富含卵囊，即使症状消退后仍可能排出。无症状的带虫者和恢复期带虫者也是重要传播者。动物宿主如牛、羊等也可传播给人类。
传播途径多样，包括人际接触、经水、食物、呼吸道以及动物源性传播。易感人群广泛，婴幼儿、免疫低下者和特定疾病患者尤其易感。卵囊在外界具有强存活力，常规消毒可能不足以消除感染风险。
隐孢子虫属原生动物门孢子纲真球虫目隐孢子虫科，广泛存在于动物中，可引起隐孢子虫病，是动物胃肠炎的常见原因，感染多种哺乳动物、鸟和爬行动物。寄生于人体的种主要是微小隐孢子虫，该虫是机会致病原虫，也是一种重要的腹泻病原。人体隐孢子虫病是近二十年来新发现的一种人体寄生虫病，以胃肠炎为主要表现。