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visium怎么读
空间转录组
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10X
Visium
的精密探针 10X Visium利用组织切片在芯片上捕获RNA,通过染色、透化处理,oligo-dT探针精确捕捉mRNA,形成带有地址序列的cDNA文库。每个区域分布着5000个条形码标记点,间距仅为100微米,提供了高密度的空间分辨率。华大科技的立体视角 Stereo-seq技术由华大推出,凭借500纳米的分辨率和大范围全景视场...
空间聚类算法BayesSpace
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Visium
()读入的是Spatial Ranger的输出数据,格式参考: https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/pipelines/latest/output/overview BayesSpace需要很少的数据预处理,在这里这一步封装在了spatialPreprocess()这个函数。 spatialPreprocess() 对count矩阵进行了log标准化( log.n...
文献解读| 单细胞联合空间转录组测序揭示脑神经炎性星形胶质细胞亚型...
答:
亚群4还表达了干扰素诱导的典型基因,包括 Psmb8 、 Ifitm3 和抗原呈递相关基因: H2-K1 、 H2-T23 和 H2-D1 (图4a–c)。利用10x
Visium
空间转录组技术研究发现,无论在实验组还是对照组中,存在于Gfap+白质束,包括胼胝体,以及第三和侧脑室之间(图2d和4d)。对亚群4的基因模块进行分析,发现LPS处理的所有切片...
生信分析 | 空间转录组·SPOT去卷积—RCTD
答:
10X
Visium
平台的一大挑战在于每个测量点的复杂性,它可能隐藏着多细胞的复杂表达模式。而单细胞转录组虽然提供了细胞级别的分辨率,但在制备过程中却不可避免地丢失了组织的物理信息。这就是SPOT去卷积技术,特别是RCTD算法,
如何
发挥作用的关键时刻。方法解析:RCTD的艺术 Robust cell type decomposition (R...
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